Q同一免許人名義で複数の電子証明書を所有している場合、証明書ごとに別々のアカウントの発行は可能か。

電子証明書ごとにアカウントが作成できます。
なお、ファイルタイプの電子証明書をコピーして使用する場合は同一の電子証明書として扱いますので1アカウントとなります。